В края на 30-те години Джон Атанасов продължава да търси начин как да се улеснят изчисленията (решаването на големи системи линейни алгебрични уравнения), необходими за изследователската му работа. Отхвърля аналоговите машини като твърде бавни и неточни и се опира на цифровия подход. През декември 1939 г. заедно със своя студент Клифърд Бери (Clifford Berry) създава прототипа на първата електронноизчислителна машина, напълно завършена през 1942 г. В създаването й са използвани четири изцяло нови принципа на действие: двоичната система, регенеративната памет, логическите схеми като елементи на програма и електронните елементи като носители на данни.
“След като прототипът заработи, бяхме убедени, че можем да построим компютър, който може да изчисли каквото пожелаем” – пише Атанасов по-късно. Показвайки жизнеността на основните принципи, прототипът е отворил прекия път към съвременния компютър.
В своята история на ЕНИАК Бъркс и Бъркс резюмират постижението на Атанасов по следния начин:
“Той открива една нова форма на серийна памет, използваема при електронното смятане. Той формулира, разви и доказа основните принципи на електронните схеми за цифрови пресмятания, принципи, които включват аритметичните действия, управлението, прехода от една числова система в друга, пренасянето и съхраняването на данни и синхронизацията. Използвайки тази памет и тези принципи, той конструира добре балансиран електронен компютър с централизирана архитектура, включваща памет и аритметично управлявани входно-изходни устройства. Той изобрети първия специализиран електронен компютър с такава степен на многоаспектност”.
Ако усилията им не бяха прекъснати от войната, компютърът АВС е щял да бъде в пълно действие в 1943 г. През септември 1942 г. Джон Атанасов е мобилизиран и започва работа в Морскоартилерийската лаборатория (МАЛ) – изследователска лаборатория към Управлението на военните арсенали и като физик теоретик е натоварен с акустичните изпитания на мини, подводни бомби и други проекти. В периода 1942–1966 – основните научни интереси на Атанасов са в областта на динамиката на кораба. Наред с това той е патентовал над 30 устройства: първият миночистачен уред за взривяване на хидродинамични морски мини; апаратура за откриване и записване на големи сеизмични и звукови вълни; устройство за изчисляване и записване на грешките в траекториите при стрелба; пощенски сортировъчни системи; автоматични системи за обработване на колети; системи за бързо намиране на класифицирани документи; електрически кварцов часовник. Освен това има и редица разработки с военно предназначение, вкл. направлявани ракети, и др.
След 1945 г. Джон Атанасов посвещава остатъка от професионалната си дейност на множество правителствени и индустриални проекти като същевременно ръководи две компании, основани от него.
През 1941 г. Атанасов приема на гости у дома си Джон Мокли (John Mauchly), който се интересува от компютъра му. Какво точно се е случило тогава? Това се разглежда подробно на съдебния процес 26 години пo-късно, който е трябвало да изясни дали Джон Мокли и Джон Преспър Екърт (J. Presper Eckert) са използвали непозволено откритието на Атанасов при създаването на първия (официално дотогава) електронен компютър ЕНИАК през периода 1942-1946 г. Джон Атанасов е главен свидетел на процеса. По време на процеса се потвърждават следните факти:
1. От 13 до 18 юни 1941 г. Мокли е бил гост в дома на Атанасов в Еймс.
2. По време на своя престой той е прекарал много часове, дискутирайки компютъра на Атанасов и Бери както и компютърната теория с Джон Атанасов и Клиф Бери.
3. Три или четири дни той е придружавал Атанасов до офиса му в сградата по Физика и е наблюдавал компютъра Атанасов-Бери в компанията на Атанасов и Клифърт Бери.
4. Наблюдавал е демонстрации на действията или някои фази от функциите на компютъра Атанасов-Бери и може да се е занимавал с манипулация на някои части от компютъра с Клифърт Бери.
5. Било му е позволено да чете 35 страници ръкопис за конструирането и работата на компютъра Атанасов-Бери. Атанасов и Бери доброжелателно са отговаряли на въпроси и са се впускали в обсъждания с него относно компютъра и книжката, но Атанасов му е отказал да вземе копие със себе си в Пенсилвания.
6. Веднага след срещата му в щат Айова през юни Мокли е писал писма до Атанасов и до приятеля му Хелмс Клейтън, изразяващи ентусиазъм относно компютъра Атанасов-Бери и е изкарал ускорен курс по електроника към Университета на Пенсилвания.
7. На 15.08.1941 г. написва разбираемо резюме относно разликите между аналоговите и цифровите изчислителни уреди, което е включвало някои идеи, които са били почти същите с тези в ръкописа на Атанасов относно компютъра Атанасов-Бери.
8. На 30.09.1941 г. той е писал на Атанасов и му предлага да разработят компютър със съвместни усилия, и е попитал дали Атанасов има нещо против той да използва някои от идеите на Атанасов в компютър, който той възнамерявал да построи.
На 19.10.1973 г. съдията Ърл Ларсън (Earl R. Larson) оповестява решението си по процеса ЕНИАК. В съответствие с американските съдебни норми Ларсън издава Съдебни решения относно истината, Съдебни заключения и Съдебно решение, общо 420 страници. В Съдебното решение се казва: “С настоящето решение патентът на ЕНИАК – патент на САЩ, сериен № 3 120 606 на Илинойс Сайънтифик Дивелъпмънтс (ISD), се обявява невалиден и без законна сила”.
Патентът за смятаната дотогава първа ЦЕИМ е обявен за невалиден. Решението си съдията обосновава с хронологичния ред на събитията, които доказват със сигурност напредъка, направен от Атанасов и Бери по електронния цифров компютър преди декември 1940 г. Ларсън отбелязва, че напредналата фаза на компютъра Атанасов-Бери не е просто представата на Атанасов или на служебните лица от щата Айова, но е било мнение на странични експерти, които са наблюдавали и изпитвали машината, както и плановете на Атанасов за периода от 1939 до 1941 г.
Федералния съдия отсъжда, че Мокли е извлякъл основните си идеи за електронен цифров компютър от компътъра Атанасов-Бери. Отрежда първенството на Джон Атанасов и Клифърд Бери, които са конструирали първия електронен цифров компютър в Щатския колеж на Айова в периода между 1939 – 1942 г. Обявява също, че Джон Мокли и Джон Преспър Екърт, които повече от 25 години са бил поздравявани, хвалени и уважавани като съизобретателите на първия електронен цифров компютър, нямат права над патента, възоснова на който са били тези почести.
“Екърт и Мокли не са изобретили първия автоматичен електронен цифров компютър, а са извлекли основната идея за него от Джон Атанасов.” (Из заключението на съда в Минеаполис, 1973).

През 1970 г. Джон Атанасов е поканен в България от БАН и му е връчен правителствен орден "Кирил и Методий" І степен. Това е първата му награда и обществено признание и то три години преди това да стане в САЩ. Заслуга за това имат акад. Благовест Сендов, проф. Кирил Боянов и др.
Най-голямото отличие през живота си Джон Атанасов получава от ръцете на президента Джордж Буш през 1990 г. – Националният медал за наука и технология (National Medal of Science and Technology).
-бърз модел на изчислително устройство.